黔江，《禹贡》为梁州之域。商周为巴国地。秦属巴郡。汉初，为涪陵县地。
　　黔江置县始于东汉。建安之年（201），益州牧刘漳接受涪陵县令谢本建议，析涪陵县置涪陵、永宁、丹兴、汉葭四县。丹兴县治设于今联合镇（古称楠木坪）。
　　清光绪《黔江县志》："黔江，邑邻五溪，界古黔州及施州，为川楚僻路，天下有事，易扰难靖"。这里，与彭水、酉阳、秀山等地联片，史称"蛮夷之地"。蜀汉延熙十二年（249）五月，涪陵人徐巨杀都尉反，后主遣大将邓芝征讨，徐巨战死。事后，徙徐、蔺、谢、范等数千家于成都。公元280年，晋实行州郡县三级制，涪陵郡下设涪陵、汉葭、汉夏、汉平等四县，丹兴废，其地入涪陵、汉夏二县。
　　西晋永嘉（306），今酉、秀、黔、彭等地"没于蛮僚"，历宋、齐、梁、魏、周等250余年。
　　北周保定四年（564），涪陵少数民族首领田思鹤"以地内附"，归顺中原王朝，因而在彭水置奉州（建德三年改名黔州），县为其属地。
　　隋开皇五年（585）置石城县，兼置庸州，治所均设今县坝乡县坝村。大业三年（607）废庸州，石城县隶属巴东郡。《隋志》："巴东郡统县十四，北极巫山、秭归，南至石城、务川最。石城县广矣。"
唐武德元年（618）石城县改属黔州，其县治移无慈城，即今县坝老鹰关。贞观四年（630）迁今联合镇。天宝元年（742）改名黔江，属黔安郡（黔州）。
　　五代十国时期，黔江属黔州。嘉庆《四川通志》："天夏七年（90）年建据蜀，后唐长兴五年（935），孟知祥据蜀，黔州地属之。"
　　宋、元之际（960-1368），黔江"半没于夷。"清咸丰《黔江县志》："黔江自宋、元以来，半没于夷，为龚、胡、秦、向四土豪所据。龚据水寨，秦据册山，胡据峡口，向据后坝。"县境周边为唐崖、忠路、大旺、石柱、酉阳等土司包围，对县境不断扩张蚕食。至元二十二年（1285），明玉珍据川，称帝10年，黔江县为其属地。
黔江地处川东鄂西交界处，周围土司长期争战不休，民族矛盾和地区矛盾尖锐复杂。因此，明王朝视这里为"地处蛮疆，犬牙交错"的军事要地，数次陈重兵于黔。洪武五年（1372）蓝玉征黔，省黔江入彭水县，洪武十年（1378），蓝玉再次征黔，驻官兵1216名，置黔江守御千户所。洪武十四年，复置黔江县，所，县并立，文武兼治。黔江守御千户所隶四川都司所属的重庆卫，持续275年。
　　清初，黔江县属重庆府。康熙元年（1662），改黔江守御千户所为黔彭营，镇守黔江，彭水等县，兼辖酉阳、石耶、平茶、邑梅五土司。雍正四年（1726），改黔江县为黔江万。十二年（1734），含彭水县升为黔彭直隶万。为万治。十三年（1735）酉阳土司"改土归流"后，置酉阳直隶州，废黔彭直隶万，复置黔江县，属酉阳直隶州。
　　1911年11月13日，黔江"反正"，成立军政府。民国元年（1912）废府，州、厅，黔江直属省。在四川"防区制"时期，黔江属刘湘防区。24年（1935）川政统一后，黔江属四川省第八行政督察区，即酉阳专区。抗日战争中武汉失守后，第六战区长官司令部部份机关迁驻黔江正阳乡大路坪。1946年，川黔湘鄂边区绥清公署（辖五十六军）设于黔江县城，以控制恩施、酉阳、铜仁、永顺、涪陵、芷江等6个专区及其县份。
　　1949年11月12日，中国人民解放军解放黔江，11月25日，成立黔江县人民政府，隶属川东行政专区。1950年1月23日，置酉阳专区，领酉阳、秀山、黔江3县。1952年9月，酉阳专区并入涪陵专区，黔江随之属涪陵专区。1983年11月，经国务院批准，撤销黔江县，建立黔江土家族苗族自治县。次年11月13日举行自治县成立大会，宣布自治县成立。
　　1988年5月18日经国务院批准（从原涪陵地区10县中将酉秀黔彭石五个自治县划出单设）成立四川省黔江地区，同年11月挂牌办公，辖石柱土家族自治县、彭水苗族土家族自治县、黔江土家苗族自治县、酉阳土家苗族自治县、秀山土家苗族自治县。
　　1997年纳入重庆直辖市管理，同年3月17日经国务院批准，撤销"原四川省黔江地区"，成立"重庆市黔江开发区"。2000年6月经国务院批准撤销原重庆市黔江开发区、黔江土家苗族自治县，设立"重庆市黔江区"，隶属重庆直辖市管理，也是重庆市唯一的一个少数民族区。